第39集团军是一个二战时期成立,两次重组的苏联红军集团军。
1941年第一次成立,苏德战争爆发后曾参加勒热夫战役。1942年第二次成立,后移动至蒙古,参加苏日战争,属外贝加尔方面军,司令为伊万·伊里奇·柳金科夫,副司令为格奥尔基·基里洛维奇·科兹洛夫,占领中国东北城市大连,后驻扎于旅顺。集团军司令领导指挥苏军驻旅大部队。阿法纳西·帕夫兰蒂耶维奇·别洛博罗多夫担任司令。1955年,集团军从旅顺撤军,隔年解散。1967年第三次组建于蒙古乌兰巴托,1992年撤出蒙古。