馮雲起(?—?),字君含,南直隸蘇州府長洲縣民籍,崑山縣人,明朝政治人物。
天啟四年(1624年)甲子科應天鄉試第四十九名舉人,五年(1625年)乙丑科三甲第四十一名進士。授鄞縣知縣,升湖廣按察司僉事、分巡下荊南,升湖廣按察司副使[1]。
夫人為蘇州洞涇吳氏吳元宣(申時行岳父)曾孫女、萬曆三十七年(1609年)己酉科應天鄉試舉人吳士俊(字籲卿,號泰源,1572-1619)長女[2]。孫女馮氏嫁蔣燦孫蔣銘(字新又,1635-1669,著有《古文匯鈔》十卷等書,為毛宗崗友人)。