高雄水上警察署,是台灣日治時代高雄市的警察署,位在新濱町,現高雄港務警察局之前身。
昭和15年(1940年)設置,管轄高雄市沿岸部,署長由警視任之。高雄市其餘區域由高雄東警察署、高雄西警察署管轄。
以下是昭和19年(1944年)高雄水上署直轄和轄下警察官吏派出所(以下簡稱派出所)管轄區域一覽。[1]