吴元琪（?—?），广西平乐县人，清朝官员。
乾隆三十六年（1771年）辛卯恩科进士。乾隆五十二年（1787年）七月任台湾府北路理番同知，同年九月十五日（1787年10月25日）调署台湾府海防兼南路理番同知。
