多重序列比对

多重序列比对（Multiple sequence alignment；MSA）是对三个以上的生物学序列（biological sequence），如蛋白质序列、DNA序列或RNA序列所作的序列比对。一般来说，是输入一组假定拥有演化关系的序列。从MSA的结果可推导出序列的同源性，而种系发生关系也可引导出这些序列共同的演化始祖。如右图般的视觉化叙述可描绘出各种突变事件，例如点突变的单格变化，或是如删除突变与插入突变，可使各个序列之间产生鸿沟。MSA常用来研究序列的保守性，或是蛋白质结构域的三级结构与二级结构，甚至是个别的氨基酸或核苷酸。

计算机程序ClustalW，以多个生物个体的酸性核糖体蛋白P0（acidic ribosomal protein P0；L10E）的前90个位置所作的多重序列比对。

参见

• 亲缘分支分类法
• 种系发生学
• 序列比对软件
• 结构比对

外部链接

• ExPASy sequence alignment tools （页面存档备份，存于互联网档案馆）
• Multiple Alignment Resource Page from the Virtual School of Natural Sciences
• Tools for Multiple Alignments from Pôle Bioinformatique Lyonnais
• Multiple sequence alignment lectures（页面存档备份，存于互联网档案馆） from the Max Planck Institute for Molecular Genetics

相关文献

• Duret, L.; S. Abdeddaim. Multiple alignment for structural functional or phylogenetic analyses of homologous sequences. D. Higgins and W. Taylor (编). Bioinformatics sequence structure and databanks. Oxford: Oxford University Press. 2000. 
• Notredame, C. Recent progresses in multiple sequence alignment: a survey. Pharmacogenomics. 2002, 31 (1): 131 –– 144. 
• Thompson, J. D.; F. Plewniak and O. Poch. A comprehensive comparison of multiple sequence alignment programs. Nucleic Acids Research. 1999, 27 (13): 12682––2690. 
• Wallace, I.M.; Blackshields G and Higgins DG. Multiple sequence alignments. Curr Opin Struct Biol. 2005, 15 (3): 261–6.