冯建功(?—?)为中国清朝武官官员,本籍江苏。行伍出身的冯建功于1799年(嘉庆4年)奉旨接替吴国麟,于台湾地区担任台湾水师协副将。而隶属台湾镇之下的此官职是台湾清治时期的这阶段,全台湾的海防军事层级最高武将,其统帅三标水营,数千名水师兵勇。