UniProt
UniProt(联合的蛋白)是一个全面的,高质量的,免费使用的蛋白质序列与功能信息数据库,许多内容来自基因组计划,它还包含了大量来自研究文献的关于蛋白的生物学功能信息。
内容 | |
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有机体 | 所有 |
相关信息 | |
研究中心 | 英国EMBL-EBI、瑞士SIB、美国PIR |
访问入口 | |
数据格式 | Custom flat file, FASTA, GFF, RDF, XML. |
网站 | www |
下载地址 | www |
网络服务地址 | 是 – JAVA应用程序接口在这里看到信息&表现层状态转换在这里看到信息 |
工具 | |
Web | 高级搜索,BLAST,ClustalO,批量检索/下载,ID映射 |
其他 | |
许可 | 创作共用署名-禁止改作 |
版本 | 是 |
数据发布频率 | 4周一次 |
管理政策 | 是 – 手动和自动。 数据库监护人和计算算法生成的自动注释规则。 |
可否列为书签 | 是 – 个别蛋白质条目和搜索 |
UniProt共同体
UniProt共同体由欧洲生物信息研究所, 瑞士生物信息研究所,以及美国Protein Information Resource组成。欧洲生物信息研究所坐落于英国茵格斯顿的Wellcome Trust Genome Campus,拥有大量的生物信息学数据库及服务资源。瑞士生物信息研究所位于瑞士的日内瓦,维持专家蛋白质分析系统(Expert Protein Analysis System,一个蛋白质组学工具和数据库资源中心)服务器的运作。2002年,EBI,SIB和PIR联合成为UniProt共同体[1]。
UniProt数据库的根源
每个共同体成员都积极参与蛋白质数据库维护和注释。 直到最近,EBI和SIB一起生产了Swiss-Prot和TrEMBL数据库,而PIR生产了蛋白质序列数据库(PIR-PSD)[2][3][4]。 这些数据库与不同的蛋白质序列覆盖和注释优先级共存。
参考文献
- ^ 2002 Release: NHGRI Funds Global Protein Database. National Human Genome Research Institute (NHGRI). [14 April 2018]. (原始内容存档于2015-09-24).
- ^ O'Donovan, C.; Martin, M. J.; Gattiker, A.; Gasteiger, E.; Bairoch, A.; Apweiler, R. High-quality protein knowledge resource: SWISS-PROT and TrEMBL. Briefings in Bioinformatics. 2002, 3 (3): 275–284. PMID 12230036. doi:10.1093/bib/3.3.275.
- ^ Wu, C. H.; Yeh, L. S.; Huang, H.; Arminski, L.; Castro-Alvear, J.; Chen, Y.; Hu, Z.; Kourtesis, P.; Ledley, R. S.; Suzek, B. E.; Vinayaka, C. R.; Zhang, J.; Barker, W. C. The Protein Information Resource. Nucleic Acids Research. 2003, 31 (1): 345–347. PMC 165487 . PMID 12520019. doi:10.1093/nar/gkg040.
- ^ Boeckmann, B.; Bairoch, A.; Apweiler, R.; Blatter, M. C.; Estreicher, A.; Gasteiger, E.; Martin, M. J.; Michoud, K.; O'Donovan, C.; Phan, I.; Pilbout, S.; Schneider, M. The SWISS-PROT protein knowledgebase and its supplement TrEMBL in 2003. Nucleic Acids Research. 2003, 31 (1): 365–370. PMC 165542 . PMID 12520024. doi:10.1093/nar/gkg095.