邻接法

生物信息学术语

邻接法(英文:neighbor-joining method;又称 NJ 法),生物信息学术语,是一种用于构建系统发生树(演化树)的快速聚类方法,由日本遗传学家斋藤成也平文式罗马字:Saitou Naruya)和日裔美国生物学家根井正利(Nei Masatoshi)二人在1987年创立[2]。使用邻接法构建演化树时,通常需要基于 DNA 序列蛋白质数据,以此了解每对分类单元之间的距离,通过确定距离最近(或相邻)的成对分类单元使演化树的总距离达到最小,循环地将相邻点合并成新的点,最终形成完整的树型[3][4]

2002年日本国立遗传学研究所学者斋藤成也根据世界上18个人类族群的23种遗传讯息,以邻接法估算而成的遗传距离分支图[1]

邻接法不需要关于分子钟的假设,不考虑任何优化标准,基本思想是进行类的合并时,不仅要求待合并的类是相近的,而且要求待合并的类远离其他的类,从而通过对完全没有解析出的星型演化树进行分解,来不断改善星型演化树[5]

参阅

参考文献

  1. ^ モンゴロイドの形成. 九州大学総合研究博物馆日语九州大学総合研究博物館. (日语)
  2. ^ Saitou, N. & Nei, M. The neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees. Molecular Biology and Evolution英语Molecular Biology and Evolution. 1987-07-01, 4 (4): 406–425 [2020-09-19]. PMID 3447015. doi:10.1093/oxfordjournals.molbev.a040454 . 原始内容存档于2014-12-25. 
  3. ^ Didelot, Xavier. "Sequence-Based Analysis of Bacterial Population Structures". Robinson, D. Ashley; Falush, Daniel & Feil, Edward J (编). Bacterial Population Genetics in Infectious Disease. Hoboken, NJ: John Wiley and Sons. 2010: 46–47 [2021-07-02]. ISBN 978-0-470-42474-2. (原始内容存档于2021-07-25). 
  4. ^ 第二届植物学名词审定委员会 (编). 植物学名词 (2版). 北京: 科学出版社. 2019 [2021-10-23]. ISBN 978-7-03-062178-8. (原始内容存档于2021-10-23). (简体中文)
  5. ^ 古生物学名词审定委员会 (编). 古生物学名词 (2版). 北京: 科学出版社. 2009 [2021-10-23]. ISBN 978-7-03-025433-7. (原始内容存档于2021-10-23). (简体中文)

外部链接