北京系統工程研究所，位於北京市朝陽區，是中國人民解放軍系統工程研究機構。
北京系統工程研究所於1986年成立[1]。是以發展國防戰略研究、計算機軟體技術研究、信息安全技術研究、國防科研專案管理為主的綜合性科研機構[2]。錢學森、朱光亞都曾關心該所建設[1]。截至2014年，該所有中國科學院院士2人，中國工程院院士2人，研究員23人，副研究員52人[2]。該所原先隸屬國防科工委[3]。後轉隸中國人民解放軍總裝備部[1]。2016年深化國防和軍隊改革中，撤銷中國人民解放軍總裝備部。
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