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嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒2型Gamma變異株

SARS-CoV-2的變異株
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嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒2型-Gamma變異株（英語：SARS-CoV-2 Gamma variant），別名P.1譜系（英語：Lineage P.1）[a] ，是嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒2型（SARS-CoV-2）的一種變異株，於2021年1月6日首次在日本東京發現[4][8]。依據世界衛生組織命名法，P.1譜系被命名為Gamma變異株，目前Gamma變異株被列為「高關注變異株」（VOC）[9]。

SARS-CoV-2 變異株
Gamma
科學上準確的SARS-CoV-2的外部結構的原子模型。每個「球」都是一個原子。
科學上準確的SARS-CoV-2的外部結構的原子模型。每個「球」都是一個原子。
一般細節
世衛組織指稱Gamma
其它名稱20J/501Y.V3、高關注變異株-202101/02（VOC-202101/02）[1]、巴西變種病毒[2][3][4]
譜系P.1
首次檢測到日本東京
報告日期2021年1月6日，​3年前​（2021-01-06）
地位需要關注的變異株（英語：Variant of concern）
病例地圖
2021年4月21日時點各國P.1譜系病例總數[5]
圖示：
  超過1000個確診個案
  500–999個確診個案
  100–499個確診個案
  2–99個確診個案
  1個確診個案
  無確診個案或無數據
主要變異株

Gamma變異株一共有17種胺基酸變化，其中10種發生在棘蛋白，包括了3種特別引起關注的突變： 「N501Y」、「E484K」和「K417T」[4][10]。

Gamma變異株和在巴西傳播的另一種變異株：Zeta變異株（P.2譜系）有顯著的差異，Zeta變異株只攜帶「E484K」突變，並無其他兩種突變：「N501Y」和「K417T」[11][10]。

歷史

2021年1月6日，日本國立感染症研究所從四位抵達東京的旅客中檢測出Gamma變異株，他們都曾去過巴西亞馬遜州[4][8]。Gamma變異株是造成2021年初2019冠狀病毒病病例在亞馬遜州首府瑪瑙斯快速增加的原因之一。

2021年1月12日，巴西－英國CADDE中心在瑪瑙斯確認13例P.1譜系病例[4]。在2020年3月至11月期間從瑪瑙斯收集的27份樣本中沒有發現P.1譜系，然而在2020年12月15日至23日期間從同城收集到的樣本中P.1譜系占42%（n=13/31），接著在2020年12月15日至31日期間收集的樣本中P.1譜系占52.2%（n=35/67），在2021年1月1日至9日期間收集的樣本中P.1譜系更達到了85.4%（n=41/48）。從2020年12月下旬到2021年1月9日期間，P.2譜系（Zeta變異株）迅速被P.1譜系取代，瑪瑙斯P.2譜系所占比重由25.4%急劇下降到6.3%[4][12]。

奧斯瓦爾多·克魯茲基金會研究人員對亞馬遜州250份基因組樣本進行了研究，他們發現相比B.1.1.28譜系和B.1.195譜系病例，P.1譜系感染可以產生大約10倍的病毒載量，傳播力為2.2倍。P.1譜系對於18歲到59歲人群和60歲以上的老年人群具有同等的傳播力，顯示P.1譜系更易在年輕人之間傳播，無性別差異[13]。

CADDE中心的研究顯示P.1譜系傳播力比以往的變異株高兩倍，而且可以避開大約32%的獲得性免疫（比如先前感染冠狀病毒），引發再次感染的可能性。P.1譜系的病死率比以往的變異株高1.5倍[14][15][16]。

病例統計

各國P.1譜系病例（截至2021年8月9日） GISAID[17]
國家或地區 病例數 日期
  美國 23,373 2021年6月29日
  巴西 16,200 2021年6月13日
  加拿大 8,070 2021年7月5日
  比利時 1,974 2021年7月1日
  墨西哥 2,278 2021年6月24日
  智利 2,522 2021年6月13日
  西班牙 957 2021年6月26日
  義大利 2,181 2021年6月29日
  荷蘭 566 2021年6月17日
  哥倫比亞 346 2021年6月1日
  德國 806 2021年6月22日
  法國 577 2021年6月23日
  千里達及托巴哥 255 2021年6月15日
  阿根廷 329 2021年5月12日
  法屬圭亞那 318 2021年6月11日
  英國 224 2021年6月23日
  葡萄牙 190 2021年6月23日
  烏拉圭 173 2021年4月15日
   瑞士 187 2021年6月21日
  阿魯巴 121 2021年6月20日
  日本 118 2021年6月13日
  蘇利南 117 2021年5月25日
  瑞典 141 2021年6月14日
  巴拉圭 54 2021年5月4日
  丹麥 63 2021年6月29日
  海地 47 2021年5月20日
  盧森堡 2 2021年4月19日
  芬蘭 7 2021年5月23日
  孟加拉 1 2021年2月18日
  巴貝多 3 2021年5月22日
  開曼群島 1 2021年6月17日
  法羅群島 1 2021年1月12日
  關島 1 2021年4月30日
  蓋亞那 3 2021年1月18日
  菲律賓 2 2021年2月21日
  波多黎各 1 2021年6月9日
  哥斯大黎加 69 2021年6月29日
  厄瓜多 145 2021年7月21日
  土耳其 88 2021年6月29日
  秘魯 42 2021年6月14日
  多明尼加 38 2021年6月10日
  馬爾他 32 2021年6月22日
  愛爾蘭 29 2021年6月21日
  奧地利 28 2021年6月18日
  波蘭 24 2021年7月14日
  捷克 20 2021年6月22日
  以色列 19 2021年7月6日
  玻利維亞 17 2021年6月2日
  委內瑞拉 17 2021年5月26日
  古拉索 14 2021年6月24日
  羅馬尼亞 12 2021年6月12日
  南韓 10 2021年7月3日
  挪威 9 2021年7月1日
  澳洲 8 2021年4月25日
  新加坡 8 2021年6月11日
  斯洛維尼亞 7 2021年6月4日
  紐西蘭 7 2021年5月31日
  克羅埃西亞 6 2021年6月29日
  立陶宛 6 2021年6月30日
  約旦 5 2021年4月28日
  臺灣 4 2021年1月28日
  印度 3 2021年5月12日
  波赫 3 2021年7月5日
  中國 2 2021年4月17日
  巴基斯坦 1 2021年5月17日
  安哥拉 1 2021年3月22日
  拉脫維亞 1 2021年4月1日
  泰國 1 2021年4月5日
  俄羅斯 1 2021年5月21日
  希臘 1 2021年5月14日
  波奈 1 2021年7月7日
世界（71國/地區） 總數：63,769 截至2021年8月9日

變異

Gamma變異株包括兩個子變異株：「28-AM-1」和「28-AM-2」，它們都帶有「K417T」、「E484K」和「N501Y」突變。

Gamma變異株有10種棘蛋白突變，包含了N501Y和E484K。

Gamma變異株變異特徵
基因編號 胺基酸
ORF1ab synT733C
synC2749T
S1188L
K1795Q
del11288-11296 (3675-3677 SGF)
synC12778T
synC13860T
E5665D
棘蛋白 L18F
T20N
P26S
D138Y
R190S
K417T
E484K
N501Y
H 655Y
T1027I
ORF8 E92K
ins28269-28273
N P80R
來源：Faria et al. (2021)，圖 1.B

參見

註釋

  1. ^ 其他名稱包括：
    – 20J/501Y.V3
    – 高關注變異株-202101/02（VOC-202101/02）[1]
    – 巴西變種病毒（Brazilian variant、Brazil variant）[6][7][4]

參考文獻

  1. ^ 1.0 1.1 Public Health England. Variants: distribution of cases data. GOV.UK. 27 February 2021 [2021-02-27]. （原始內容存檔於2021-06-07） （英語）. 
  2. ^ Covid-19: Brazil virus already in UK 'not variant of concern', scientist says. www.bbc.com. 15 January 2021 [15 January 2021]. （原始內容存檔於2021-11-14）. 
  3. ^ COVID-19: Virologist says Brazilian coronavirus variant detected in UK is not the one 'of concern'. news.sky.com. 15 January 2021 [15 January 2021]. （原始內容存檔於2021-11-14）. 
  4. ^ 4.0 4.1 4.2 4.3 4.4 4.5 4.6 Faria, Nuno R.; Claro, Ingra Morales. Genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in Manaus: preliminary findings. Virological. 2021-01-12 [2021-01-23]. （原始內容存檔於2021-05-20） （英語）. 
  5. ^ Lineage P.1. cov-lineages.org. [2021-04-21]. 
  6. ^ Covid-19: Brazil virus already in UK 'not variant of concern', scientist says. www.bbc.com. 2021-01-15 [2021-01-15]. （原始內容存檔於2021-11-14）. 
  7. ^ COVID-19: Virologist says Brazilian coronavirus variant detected in UK is not the one 'of concern'. 天空新聞台. 2021-01-15 [2021-01-15]. （原始內容存檔於2021-11-14）. 
  8. ^ 8.0 8.1 Japan finds new coronavirus variant in travelers from Brazil. Japan Today (日本). 2021-01-11 [2021-01-14]. （原始內容存檔於2021-01-11）. 
  9. ^ Tracking SARS-CoV-2 variants. www.who.int. [2021-06-01]. （原始內容存檔於2021-06-09） （英語）. 
  10. ^ 10.0 10.1 Covid-19 Genomics UK Consortium. COG-UK Report on SARS-CoV-2 Spike mutations of interest in the UK (PDF). www.cogconsortium.uk. 2021-01-15 [2021-01-25]. （原始內容存檔 (PDF)於2021-04-16）. 
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  12. ^ Danner, Chas. What We Know About the New P.1 Strain of the Coronavirus. nymag.com. 2021-01-25 [2021-01-28]. （原始內容存檔於2021-11-30）. 
  13. ^ Nascimento, Valdinete; Souza, Victor. COVID-19 epidemic in the Brazilian state of Amazonas was driven by long-term persistence of endemic SARS-CoV-2 lineages and the recent emergence of the new Variant of Concern P.1. Research Square. 2021-02-25 [2021-03-02]. doi:10.21203/rs.3.rs-275494/v1. （原始內容存檔於2021-03-01）. 
  14. ^ Andreoni, Manuela; Londoño, Ernesto; Casado, Leticia. Brazil's Covid Crisis Is a Warning to the Whole World, Scientists Say - Brazil is seeing a record number of deaths, and the spread of a more contagious coronavirus variant that may cause reinfection.. 紐約時報. 2021-03-03 [2021-03-03]. （原始內容存檔於2021-03-03）. 
  15. ^ Zimmer, Carl. Virus Variant in Brazil Infected Many Who Had Already Recovered From Covid-19 - The first detailed studies of the so-called P.1 variant show how it devastated a Brazilian city. Now scientists want to know what it will do elsewhere.. 紐約時報. 1 2021-03-01 [2021-03-03]. （原始內容存檔於2021-03-03）. 
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  17. ^ GISAID - hCov19 Variants. www.gisaid.org. [2021-08-09]. （原始內容存檔於2021-06-23）. 
  18. ^ Spike Variants: Gamma variant, aka P.1, B.1.1.28.1, 20J/501Y.V3 variant, and K417T/E484K/N501Y. covdb.stanford.edu. [2021-11-29]. （原始內容存檔於2021-06-30） （英語）. 

外部連結

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