朱昌祚（1627年—1667年），字雲門，中國山東高唐人，清朝初年名臣。
朱昌祚於1638年在皇太極入侵山東時被擄往遼東，入漢軍鑲白旗。清朝在全國建立統治後，被任命為宗人府啟心郎，後又擔任工部侍郎。順治十八年（1661年），出任浙江巡撫，多有善政。
康熙二年（1663年），升任福建總督，未到任。康熙四年（1665年），以兵部尚書銜總督直隸、山東、河南，人稱「朱三省」。次年因反對鰲拜圈地而被下獄，不久與蘇納海和王登聯一道被鰲拜矯詔處死。
康熙九年（1670年），朱昌祚被平反，諡勤愍。
