萬建崑(?—?),字季瑜,江西南昌府南昌縣東溪人,明朝政治人物。同進士出身。萬廷言長子。
萬曆十七年(1589年)進士,擔任湖廣荊州府推官。博學多問,治案公正,「老吏皆憚焉」。升禮部主事。因「第一次妖書案」謫戍廣西思恩軍民府武緣縣(今廣西壯族自治區武鳴縣)典史[1]。