金光祖（？—1690年），漢軍正白旗人，清朝官員。
順治十六年（1659年）任吏部郎中兼佐領，累遷福建右布政使，進廣西巡撫。康熙九年（1670年），擢兩廣總督。吳三桂叛清後，被誘降，但不久因受排擠，投靠尚之信，合謀重新降清。聖祖令其戴罪立功。二十年（1681年），率部隨征雲南。三藩之亂平定後，被劾革職歸旗。
