沈肇元(1569年—1607年),号懈谷,浙江湖州府德清县人,明朝政治人物。
万历二十二年(1594年)甲午科浙江乡试举人,二十六年(1598年)戊戌科进士,历官南康县、掖县知县[1]。
父沈光宙,岁贡,官知县。