沈肇元(1569年—1607年),號懈谷,浙江湖州府德清縣人,明朝政治人物。
萬曆二十二年(1594年)甲午科浙江鄉試舉人,二十六年(1598年)戊戌科進士,歴官南康縣、掖縣知縣[1]。
父沈光宙,歲貢,官知縣。