沈琦（1558年—1606年），字仲玉，號韞所，直隸蘇州府吳江縣人，軍籍，明朝政治人物。
曾祖沈漢，正德十六年進士。父沈倬。沈琦少孤，有成人度，受學杜偉、毛圖南，治經論文，俱有家法。訓二弟沈珫、沈珣，莊嚴若師。萬曆十九年（1591年）與弟沈珫同登辛卯科舉人，二十三年（1595年）又同中乙未科進士[1]，後十年弟沈珣再登進士。初入禮部觀政，授山東臨淄縣知縣，居二年以母喪歸，服闋，起任陝西高陵縣知縣，調三原縣。三十二年擢入任禮部主事，生發背毒瘡卒，年四十九歲。著有《家塾私語》、《珠樹軒稿》。[2]。
