沈琦（1558年—1606年），字仲玉，号韫所，直隶苏州府吴江县人，军籍，明朝政治人物。
曾祖沈汉，正德十六年进士。父沈倬。沈琦少孤，有成人度，受学杜伟、毛图南，治经论文，俱有家法。训二弟沈珫、沈珣，庄严若师。万历十九年（1591年）与弟沈珫同登辛卯科举人，二十三年（1595年）又同中乙未科进士[1]，后十年弟沈珣再登进士。初入礼部观政，授山东临淄县知县，居二年以母丧归，服阕，起任陕西高陵县知县，调三原县。三十二年擢入任礼部主事，生发背毒疮卒，年四十九岁。著有《家塾私语》、《珠树轩稿》。[2]。
