督办台湾抚垦大臣为清代台湾建省后,主管“番地”开垦,对外扩张的最高主官。而其目的是为了贯彻“招抚生番、清除内患、垦殖番地、扩张疆域”之政策所设置,原则上也是台湾抚垦局之主管,由台湾巡抚兼任,副主管则为“帮办台湾抚垦大臣”。
督办抚垦大臣一职,设于1886年,为首任台湾巡抚刘铭传兼任。刘铭传奏请朝廷,任命板桥林家士绅林维源以太常寺少卿身份,派为帮办台湾抚垦大臣。1895年福建台湾省依照马关条约割让给日本后,该官职予以废除。