祝阿郡，中國十六國南北朝時設置的郡。
後趙建武元年（335）石虎分濟南郡置祝阿郡，治所在祝阿縣（今山東省濟南市長清區東北、齊河縣東南8公里小周鎮）。下轄祝阿縣。轄境約當今山東齊河東部、長清北部、濟南市西郊北部。屬青州。前燕廢除。劉宋在祝阿縣僑置太原郡。
